Evolutionäre Genomik

Wie wurden lebende Organismen so, wie wir sie heute kennen? Mit dieser grundlegenden Frage beschäftigt sich unser Labor. Wir bemühen uns nicht so sehr um ein Verständnis der Organismen selbst, unser Fokus liegt stattdessen auf der Frage, wie sie sich entwickelt haben, nämlich wie sie sich über die Zeit hin verändert haben. Wir nutzen eine Vielfalt moderner Tools um uns mit diesen grundlegenden Themen zu befassen. Wir wenden mathematische Modellierung an, wir nutzen verfügbare bioinformatische Daten und wir führen unsere eigenen Experimente mit einer Vielfalt an unterschiedlichen Modell- und Nicht-Modellorganismen durch. Bisher lag unser Fokus darauf aufzuklären, welchen Einfluss genetische Interaktionen auf die molekulare Evolution haben. Wir haben untersucht, wie oft und auf welche Art eine genetische Veränderung die Auswirkung einer anderen Veränderung beeinflusst, hauptsächlich im Kontext einer Aminosäuren-Änderung, die eine andere Aminosäure-Änderung im selben Protein beeinflusst. Wir denken, dass genetische Interaktionen häufiger auftreten als bisher angenommen, und solche Interaktionen können dabei mitwirken, die Änderungsrate von Aminosäuresequenzen zu bestimmen. Mitglieder des Labors können die Richtung ihrer Forschung frei wählen und übernehmen mit dieser Freiheit auch die Verantwortung für die Richtung der Forschung. Anfragen potenzieller Studierender und Postdocs sind willkommen.

Kontakt
Fyodor Kondrashov
Institute of Science and Technology Austria (IST Austria)
Am Campus 1
A – 3400 Klosterneuburg
E-mail: fkondrashov@remove-this.gmail.com

»CV und Publikationsliste

Assistentin
Alexandra Mally

Tel: +43 (0)2243 9000-1105
E-mail: alexandra.mally@remove-this.ist.ac.at

Ausgewählte Publikationen

  • Sarkisyan KS, Bolotin DA, Meer MV, Usmanova DR, Mishin AS, Sharonov GC, Ivankov DN, Bozhanov NG, Baranov MS, Soylemez O, Bogatyreva NS, Vlasov PK, Egorov ES, Logacheva MD, Kondrashov AS, Chudakov DM, Putintseva EV, Mamedov IZ, Tawfik DS, Lukyanov KA, Kondrashov FA. (2016) Local fitness landscape of the green fluorescent protein. Nature. 533, 397-401.
  • Arkhipova OV, Meer MV, Mikoulinskaia GV, Zakharova MV, Galushko AS, Akimenko VK, Kondrashov FA. (2015) Recent Origin of the Methacrylate Redox System in Geobacter sulfurreducens AM-1 through Horizontal Gene Transfer. PLoS One. 10, e0125888
  • Usmanova DR, Ferretti L, Povolotskaya IS, Vlasov PK, Kondrashov FA. (2015) A model of substitution trajectories in sequence space and long-term protein evolution. Mol Biol Evol. 32, 542-554.
  • Moroz LL, Kocot KM, Citarella MR, Dosung S, Norekian TP, Povolotskaya IS, Grigorenko AP, Dailey C, Berezikov E, Buckley KM, Ptitsyn A, Reshetov D, Mukherjee K, Moroz TP, Bobkova Y, Yu F, Kapitonov VV, Jurka J, Bobkov YV, Swore JJ, Girardo DO, Fodor A, Gusev F, Sanford R, Bruders R, Kittler E, Mills CE, Rast JP, Derelle R, Solovyev VV, Kondrashov FA, Swalla BJ, Sweedler JV, Rogaev EI, Halanych KM, Kohn AB. (2014) The ctenophore genome and the evolutionary origins of neural systems. Nature. 510, 109-114.
  • Koval AV, Vlasov P, Shichkova P, Khunderyakova S, Markov Y, Panchenko J, Volodina A, Kondrashov FA, Katanaev VL. (2014) Anti-Leprosy Drug Clofazimine Inhibits Growth of Triple-Negative Breast Cancer Cells via Inhibition of Canonical Wnt Signaling. Biochem Pharmacol. 87, 571-578.
  • Arkhipov V.Yu. Noah, N., Koschkar, S., Kondrashov, F.A. (2013) Birds of Mys Shmidta, north Chukotka, Russia. Forktail 29, 25-30.
  • Breen MS, Kemena C, Vlasov PK, Notredame C, Kondrashov FA. (2012) Epistasis as the primary factor in molecular evolution. Nature 490, 535-538.
  • Kondrashov FA (2012). Gene duplication as a mechanism of genomic adaptation to a changing environment. Proc Biol Sci. 279, 5048-5057.
  • Povolotskaya IS, Kondrashov FA (2010). Sequence space and the ongoing expansion of the protein universe. Nature. 465, 922-926.
  • Meer MV, Kondrashov AS, Artzy-Randrup Y, Kondrashov FA (2010). Compensatory evolution in mt-tRNAs navigates valleys of low fitness. Nature. 464, 279-282.

Karriere

Seit 2017  Professor am IST Austria
Seit 2012  Scientific Director der School of Molecular and Theoretical Biology
2011–2017 ICREA Research Professor am CRG
2008–2017 Junior Group Leader am Center for Genomic Regulation
Seit 2005  Sommerexkursionen nach Siberia und in die Arktis
2000–2003  Research Scientist, NCBI, NIH

Ausgewählte Auszeichnungen

2016 Plan Estatal des spanischen Wirtschaftsministeriums
2016 Zimin Foundation Grant für School of Molecular and Theoretical Biology
2014–2018 ERC Starting Grant
2013–2015 Plan Nacional Grant des spanischen Wirtschaftsministeriums
2012–2017 Howard Hughes Medical Institute International Early Career Scientist Award
2011–2013 EMBO Young Investigator Award
2010 Theodosius Dobzhansky-Preis der Society for the Study of Evolution
2010–2012 Plan Nacional Grant des spanischen Wissenschaftsministeriums
2005–2008 National Science Foundation Graduate Research Fellow

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