Bernecky Group
RNA-basierte Genregulation
Die regulierte Expression von genetischem Material ist einer der grundlegenden Prozesse in der Zelle, der von der Entwicklung des Organismus bis zu seiner Reaktion auf die Umwelt alles beeinflusst. Durch Untersuchungen der Struktur beteiligter Komplexe entwirrt die Bernecky-Gruppe die regulatorischen Netzwerke der Gen-Expression, die RNA als Zwischenglied nutzen.
RNA ist ein zentraler Punkt in der Regulation der Gen-Expression. Sowohl protein-kodierende als auch nicht-kodierende RNAs sind integrale Bestandteile verschiedener Regulationswege. Dabei agieren sie oft gemeinsam mit Protein-Kofaktoren. Obwohl sie eine wichtige Rolle spielen, fehlt ein Verständnis der Wirkmechanismen der beteiligten RNA-Protein Komplexe. Viele dieser RNA-enthaltenden Komplexe sind flexibel, modular und nur in geringer Zahl vorhanden. Für solche schwierigen Ziele hat sich die Kryo-Elektronenmikroskopie (Kryo-EM) als besonders leistungsfähige Methode zur Bestimmung der Strukturen auf nahezu atomarem Niveau erwiesen, das gleichzeitig auch Einblicke in ihre Dynamik liefert. Die Bernecky Gruppe verwendet diese und verwandte Methoden, um zu verstehen, wie Komplexe aus RNA und Protein entstehen und den zellulären RNA Metabolismus regulieren.
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Team
Laufende Projekte
Molekulare Grundlage der Transkriptionsregulation | Hemmung der Transkription durch nicht-kodierende RNA | Substrat-Erkennung durch RNA-modifizierende Enzyme
Publikationen
Ramadhin AR, Lee S-H, Zhou D, Testa Salmazo AP, Gonzalo-Hansen C, van Sluis M, Blom CMA, Janssens RC, Raams A, Dekkers D, Bezstarosti K, Slade D, Vermeulen W, Pines A, Demmers JAA, Bernecky C, Sixma TK, Marteijn JA. STK19 drives transcription-coupled repair by stimulating repair complex stability, RNA Pol II ubiquitylation, and TFIIH recruitment. Molecular Cell. View
Kaczmarek BM. 2024. Biochemical and structural insights into ADAR1 RNA editing. Institute of Science and Technology Austria. View
Gnyliukh N, Johnson AJ, Nagel M, Monzer A, Babic D, Hlavata A, Alotaibi S, Isono E, Loose M, Friml J. 2024. Role of dynamin-related proteins 2 and SH3P2 in clathrin-mediated endocytosis in Arabidopsis thaliana. Journal of Cell Science., jcs. 261720. View
Zapletal D, Taborska E, Pasulka J, Malik R, Kubicek K, Zanova M, Much C, Sebesta M, Buccheri V, Horvat F, Jenickova I, Prochazkova M, Prochazka J, Pinkas M, Novacek J, Joseph DF, Sedlacek R, Bernecky C, O’Carroll D, Stefl R, Svoboda P. 2022. Structural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer. Molecular Cell. 82(21), 4064–4079.e13. View
Daiß JL, Pilsl M, Straub K, Bleckmann A, Höcherl M, Heiss FB, Abascal-Palacios G, Ramsay EP, Tluckova K, Mars J-C, Fürtges T, Bruckmann A, Rudack T, Bernecky C, Lamour V, Panov K, Vannini A, Moss T, Engel C. 2022. The human RNA polymerase I structure reveals an HMG-like docking domain specific to metazoans. Life Science Alliance. 5(11), e202201568. View
Karriere
Seit 2018 Assistant Professor, Institute of Science and Technology Austria (ISTA)
2011 – 2017 Postdoc, LMU Munich and MPI for Biophysical Chemistry, Göttingen, Deutschland
2010 – 2011 Postdoc, University of Colorado Boulder, USA
2010 PhD, University of Colorado Boulder, USA
Ausgewählte Auszeichnungen
2012 – 2014 Humboldt Research Fellowship
2005 – 2007 NIH Molecular Biophysics Training Grant
2002 Hughes Undergraduate Research Scholar (Cornell-HHMI)
