RNA-basierte Genregulation

RNA ist ein Brennpunkt in der Regulation der Genexpression. Sowohl proteinkodierende als auch nichtkodierende RNAs sind integraler Bestandteil unterschiedlicher Regulationswege. Sie agieren oft gemeinsam mit Cofaktoren. Kodierende RNA dient als Vorlage für die Proteinsynthese und wird durch die Kontrolle von RNA Synthese, Verarbeitung und Abbau streng reguliert. Nichtkodierende RNAs (ncRNAs) sind eine vielfältige Gruppe von RNA Transkripten die nicht in Proteine übersetzt werden, sie erfüllen eine Bandbreite an Funktionen. Bestimmte ncRNAs zum Beispiel hemmen die Transkriptionsmaschinerie direkt. Manche RNAs sind sogar bifunktionell: Sie haben sowohl das Potential zu kodieren, als auch das Potenzial nicht zu kodieren. Die zellulären Aktivitäten aller Arten von RNA können durch subzelluläre Lokalisation und RNA Editierung weiter feinabgestimmt werden.

Unsere Gruppe möchte die molekularen Mechanismen verstehen, mit denen die RNA die menschliche Genregulation kontrolliert. Wir interessieren uns besonders dafür, wie ncRNAs die Transkription regulieren, und wie die Aktivität von RNA durch posttranskriptionelle Vorgänge reguliert wird. Wir verwenden eine Vielzahl an biochemischen und strukturellen Methoden, darunter die Röntgenkristallographie und die Kryo-Elektronenmikroskopie (KryoEM). KryoEM hat sich zu einem besonders leistungsfähigen Werkzeug entwickelt, mit dem fast-atomare Strukturen bestimmt werden können und das gleichzeitig Informationen über ihre Dynamik liefert. In diesen Experimenten arbeiten wir daran, die regulatorischen Netzwerke zu entwirren, die RNA als Zwischenglied nutzen.

Kontakt
Carrie Bernecky
E-mail: cbernec@remove-this.mpibpc.mpg.de

»CV und Publikationsliste

Carrie Bernecky wird ab Januar 2018 am IST Austria tätig sein.

Assistentin
Alexandra Mally

Phone: +43 (0)2243 9000-1105
E-mail: alexandra.mally@remove-this.ist.ac.at

Ausgewählte Publikationen

  • Bernecky C, Plitzko JM, Cramer P. Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp. Nat Struc Mol Biol. 2017 Sep 11. doi: 10.1038/nsmb.3465.
  •  Xu Y, Bernecky C, Lee CT, Maier KC, Schwalb B, Tegunov D, Plitzko JM, Urlaub H, Cramer P. Architecture of the RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS transcription elongation complex. Nat Commun. 2017 Jun 6;8:15741. doi: 10.1038/ncomms15741.
  • Engel C, Gubbey T, Neyer S, Sainsbury S, Oberthuer C, Baejen C, Bernecky C, Cramer P.  Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation. Cell. 2017 Mar 23;169(1):120-131.e22.
  • Bernecky C, Herzog F, Baumeister W, Plitzko JM, Cramer P. Structure of transcribing mammalian RNA polymerase II. Nature. 2016 Jan 28;529(7587):551-4.
  • Bernecky C, Grob P, Ebmeier CC, Nogales E, Taatjes DJ. Molecular architecture of the human Mediator-RNA polymerase II-TFIIF assembly. PLoS Biol. 2011 Mar 9(3): e1000603.
  • Meyer KD, Lin SC, Bernecky C, Gao Y, Taatjes DJ. p53 activates transcription by directing structural shifts in Mediator. Nat Struct Mol Biol. 2010 Jun;17(6):753-60.
  • Knuesel MT, Meyer KD, Bernecky C, Taatjes DJ. The human CDK8 subcomplex is a molecular switch that controls Mediator co-activator function. Genes Dev. 2009 Feb 15;23(4):439-51.

Karriere
Ab 2018 Assistant Professor, IST Austria
2011–2017 Postdoc, LMU Munich and MPI for Biophysical Chemistry, Göttingen
2010–2011 Postdoc, UC Boulder
2004–2010 PhD, UC Boulder
2001–2004 Undergrad research assistant, Cornell University

Ausgewählte Auszeichnungen
2012–2014 Humboldt Research Fellowship
2005–2007 NIH Molecular Biophysics Training Grant
2002 Hughes Undergraduate Research Scholar (Cornell-HHMI)

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