BIOWISSENSCHAFTEN

Kondrashov Group

Evolutionäre Genomik

Wie wurden lebende Organismen so, wie sie heute sind? Die Kondrashov Gruppe beschäftigt sich damit, die natürliche Welt in einem evolutionären Kontext zu verstehen. Aufgrund der Fülle von Daten über DNA- und Proteinsequenzen konzentriert sich die Gruppe typischerweise auf die Untersuchung genetischer Information.

Kondrashov und seine Gruppe beschränken sich nicht darauf, spezifische Funktionen oder Phänotypen zu untersuchen. Ein wesentliches Merkmal ihrer Forschung ist stattdessen der Fokus darauf, wie sich Funktionen und Phänotypen im Laufe der Zeit verändern. Daher ist ihre Arbeit inhärent interdisziplinär. Sie basiert auf klassischen evolutionären Gebieten, wie Populationsgenetik oder molekulare Evolution, aber stützt sich auch auf andere Felder, wie die Zell- und Molekularbiologie, Bioinformatik und Biophysik. In letzter Zeit interessiert sich die Gruppe zunehmend für den experimentellen Test von Fitness-Landschaften. Durch eine Kombination aus Experimenten, Theorie und Bioinformatik fragt die Gruppe, wie Veränderungen im Genotyp die Fitness oder spezifische Phänotypen beeinflussen. In naher Zukunft möchte die Gruppe ihre experimentellen Möglichkeiten erweitern, um eine größere Bandbreite an interessanten Phänotypen mittels Hochdurchsatz-Tests zu untersuchen.

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Team


Laufende Projekte

Empirische Fitnesslandschaften | Proteinevolution im Kontext der Epistase | Populationsgenomik des Löffelstrandläufers


Publikationen

Kotlobay AA, Sarkisyan K, Mokrushina YA, Marcet-Houben M, Serebrovskaya EO, Markina NM, Gonzalez Somermeyer L, Gorokhovatsky AY, Vvedensky A, Purtov KV, Petushkov VN, Rodionova NS, Chepurnyh TV, Fakhranurova L, Guglya EB, Ziganshin R, Tsarkova AS, Kaskova ZM, Shender V, Abakumov M, Abakumova TO, Povolotskaya IS, Eroshkin FM, Zaraisky AG, Mishin AS, Dolgov SV, Mitiouchkina TY, Kopantzev EP, Waldenmaier HE, Oliveira AG, Oba Y, Barsova E, Bogdanova EA, Gabaldón T, Stevani CV, Lukyanov S, Smirnov IV, Gitelson JI, Kondrashov F, Yampolsky IV. 2018. Genetically encodable bioluminescent system from fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115(50), 12728–12732. View

Usmanova DR, Bogatyreva NS, Ariño Bernad J, Eremina AA, Gorshkova AA, Kanevskiy GM, Lonishin LR, Meister AV, Yakupova AG, Kondrashov F, Ivankov D. 2018. Self-consistency test reveals systematic bias in programs for prediction change of stability upon mutation. Bioinformatics. 34(21), 3653–3658. View

Zapata L, Pich O, Serrano L, Kondrashov F, Ossowski S, Schaefer M. 2018. Negative selection in tumor genome evolution acts on essential cellular functions and the immunopeptidome. Genome Biology. 19. View

Hönigschmid P, Bykova N, Schneider R, Ivankov D, Frishman D. 2018. Evolutionary interplay between symbiotic relationships and patterns of signal peptide gain and loss. Genome Biology and Evolution. 10(3), 928–938. View

Sarkisyan K, Bolotin D, Meer M, Usmanova D, Mishin A, Sharonov G, Ivankov D, Bozhanova N, Baranov M, Soylemez O, Bogatyreva N, Vlasov P, Egorov E, Logacheva M, Kondrashov A, Chudakov D, Putintseva E, Mamedov I, Tawfik D, Lukyanov K, Kondrashov F. 2016. Local fitness landscape of the green fluorescent protein. Nature. 533, 397–401. View

Zu Allen Publikationen

Karriere

seit 2017 Professor, IST Austria
seite 2012 Scientific Director of the School of Molecular and Theoretical Biology
2011 – 2017 ICREA Research Professor, Centre for Genomic Regulation, Barcelona, Spain
2008 – 2017 Junior Group Leader, Centre for Genomic Regulation, Barcelona, Spain
2008 PhD, University of California, San Diego, USA


Ausgewählte Auszeichnungen

2017 ERC Consolidator Grant
2016 Plan Estatal, Spanish Ministry of Economics and Competitiveness
2016 Zimin Foundation Grant for School of Molecular and Theoretical Biology
2014 ERC Starting Grant
2013 Plan Nacional Grant, Spanish Ministry of Economics and Competitiveness
2012 Howard Hughes Medical Institute International Early Career Scientist Award
2011 EMBO Young Investigator Award
2010 Theodosius Dobzhansky Prize from Society for the Study of Evolution
2010 Plan Nacional Grant, Spanish Ministry of Science and Innovation
2005 National Science Foundation Graduate Research Fellow


Zusätzliche Informationen

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